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传统池塘养殖水质控制本质上是藻类的控制，所谓“养鱼先养水”本质上也就是养好藻类。从地球宏观角度看，“植物合成，动物消费，微生物分解”，形成自然界闭合的能量流动和物质循环系统。就池塘而言，藻类合成，滤食性动物消费，微生物分解，形成池塘的基础生态系统。

池塘藻类生态系统的稳定是相对的，不稳定是绝对的。这里面包括两个层次，一个是气候条件在发生变化，藻类的种群结构也会发生相应的变化；其次，输入池塘生态系统的物质的量也在发生变化，也要求池塘藻类生态系统的承载能力发生相适应的变化。

要使池塘藻类生态相对稳定，每天被藻类消费的物质必须能稳定供应；同时，每天生长出来的藻类也必须被相应消费，才能保持池塘中藻类的密度和活性相对稳定。因此，藻类相对稳定（即生态系统稳定）的本质是生态系统各环节之间相对平衡。

池塘的藻类组成是池塘水质属性和当地气候条件所决定的。刻意去定向培养某种藻类经济上既不划算，实际上也很难实现。所以，藻类的控制只能是生物量上的控制而不是种群上的控制。

蓝藻藻华的出现是池塘水质恶化的标志，只是杀灭蓝藻并不意味着水质得到控制，养殖人员应该尽一切努力避免蓝藻藻华的发生而不是等到蓝藻藻华发生后再去寻找各种杀灭蓝藻的方法。

常规藻类生物量控制的方法有：水体生产力（总碱度）控制、滤食鱼类生物量控制、化学药物控制、物理控制和转移处理等。

我国传统的池塘养殖模式是四大家鱼（南方为青、草、鲢、鳙；北方为青、鲤、鲢、鳙）混养，此外，还有两条关键底栖鱼类——鲮和鲫。这是一种典型的生态组合。其中主养鱼类是草鱼或鲤鱼，而青、鲢、鳙、鲮或鲫则构成一个水质控制的生态链。

在池塘水体中，自然发生的生物是藻类、原生动物和浮游动物，而鲢、鳙则一方面作为调节藻类、原生动物和浮游动物的生物量平衡手段，另一方面又作为生物净化系统的氮汇和碳汇，最终以水产品的形式输出。

要保持养殖水体的活、嫩、爽，就要保证藻类的周转率。即维持藻类生长与消费之间的平衡。一般情况下，开塘时需要相对比较大的鲢、鳙的生物量，才能保持藻类周转速度的需要。按照国外的相关研究，藻类的平均寿命维持在三天左右比较理想。如果滤食性鱼类对藻类的“捕食”压力太大，则藻类越来越少；如果“捕食”压力太小，则藻类容易老化。

藻类生物量与滤食性鱼类生物量之间的平衡是的动态的而不是恒定的，随着藻类控制终端的滤食性鱼类生长，其生物量在增加，同时，随着其它养殖动物的生长和饲料投入的增加，都要求藻类生长速度增加以便和整个生态系统生物量的增加相匹配，唯一的办法是提高藻类的光合作用效率。这就是为什么传统养殖十天半个月就要施一次生石灰的原因。通过提高碱度来提高光合作用效率以确保日益增加的饲料污染的得以净化以及提高生长速度来满足滤食性鱼类生物量增加的需要。

当然，藻类的生产力不可能无限制地提高以满足日益生长的滤食性鱼类的捕食压力和池塘饲料投入日益增加的污染，因此，必要的时候必须通过控制滤食性鱼类的生物量和饲料投入量以便与藻类的光合作用相平衡。具体办法是捕捞适量的大规格滤食性鱼类和主养鱼类，再补充相应的中小规格滤食性鱼类和主养鱼类，减少池塘生物量以降低饲料污染率和对藻类的“捕食”压力。这就是传统养殖为什么总是轮捕轮放的原因。

也就是说，传统的池塘养殖是通过调节池塘总碱度和滤食性鱼类和饲料投入量，即通过轮捕轮放来控制藻类的。如何根据水土、气候资源条件，构建最合理的、最有效的藻类、鲢、鳙生态链的最佳平衡，从而提高池塘的饲料承载能力，需要从藻类的生长速度与当地日照和水质属性的关系、鲢、鳙的摄食强度、生长速度等最基础的学科进行研究。